Ich habe schon vor ein paar Jahren die RFID Reader gegen die 13 MHz Variante aus den bereits genannten Gründen ausgetauscht. Dazu habe ich lediglich die Geräte getauscht (dabei war auch Neuftech), sonst nichts geändert. Das hat bei mir ohne Probleme nach einmaligem Neustart funktioniert. Also würde ich jetzt nicht von einem grundsätzlichen Problem ausgehen.
Und logischerweise funktionieren dann auch herstellerunabhängig alle dazu kompatiblen Transponder. Insbesondere bei mir auch die Ladekarten der Fahrstromanbieter.